与八种最常用的方法相比
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  新的计较东西利用二项式建模,使尝试室科学家可以或许更好地估量他们丈量的每个基因的统计学意义。他们还能够生成可能成为医治候选靶标的基因列表,包罗尽可能多的候选基因,但最大限度地削减假阳性。

  为了确定润色基因的候选者,Zoghbi尝试室利用CRISPR手艺筛选整个基因组。

  “CRISPR数据凡是带有良多变同性,可能使数据注释变得坚苦,”第一作者刘实焕博士说,他是刘尝试室的博士后人员。“我们开辟了一种新的方式,考虑到CRISPR屏幕数据的可变性;它能够更好地捕捉数据中的大小变化。与八种最常用的方式比拟,我们的收集东西更活络,更精确,更快速愈加用户敌对。“

  就像在大海捞针一样,识别与特定疾病相关的基因可能是一个艰难而耗时的过程。为了改善这一过程,由贝勒医学院的研究人员带领的团队开辟了一种新的生物消息学东西,能够阐发CRISPR归并的筛选数据,并以比其他现无方法更高的活络度和精确度确定潜在相关基因的候选基因。新的基于收集的阐发东西也更快,更敌对,由于它不需要生物消息学培训来利用它。该研究颁发在基因组研究杂志上。

  “这个计较东西真正令人兴奋的是,研究人员并不局限于让生物消息学或计较生物学家协助他们阐发他们的大数据,”Zoghbi说,他是贝勒的分子和人类遗传学以及儿科和神经科学传授。和德克萨斯儿童病院Jan and Dan Duncan神经学研究所所长。她仍是霍华德休斯医学研究所的研究员。“该东西使未颠末生物消息学培训的湿尝试室科学家可以或许阐发数据,以确定最佳候选基因。”

  润色基因是影响另一基因表达的基因。识别润色基因背后的设法是测验考试医治疾病,而不是间接影响现实惹起疾病的基因,而是通过特定的润色基因来削减导致疾病的基因的负面影响。

  “这个项目源于与研究神经系统疾病的Huda Zoghbi博士尝试室的合作。该尝试室的方针之一是确定能够用药物靶向的润色基因,”响应的作者,Zhanndong Liu博士说。贝勒的儿科和神经学,以及德克萨斯儿童病院Jan和Dan Duncan神经学研究所的生物消息学焦点主任。

  “CRISPR屏幕能够生成数千个基因的数据集,因而研究人员需要一种东西来将列表缩小到能够在尝试室中进行测试的很多候选者,”刘说。“虽然有几种可用的计较方式,但为了精确地阐发CRISPR屏幕数据,利用尽可能切确地模仿数据天然特征的阐发东西是很主要的。虽然可用的计较东西不合适这些尺度。”

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